Pymol 笔记

来源：动视网责编：小OO 时间：2025-09-29 06:32:30

Pymol 笔记

pymol出图1、display——background——改成white2、setting——editall——ray——shade——改成03、ray空格2000，空格2000回车4、saveimage保存在英文目录下pymol里面的结构不对的地方改正1、选中要改的部分2、alter空格sele，空格ss=‘l’回车（不用更改命令！！）3、rebuild回车‘l’代表loop‘s’代表βsheet‘h’代表αhelix分析分子间的联系、距离1、4---Structureanalysi

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导读pymol出图1、display——background——改成white2、setting——editall——ray——shade——改成03、ray空格2000，空格2000回车4、saveimage保存在英文目录下pymol里面的结构不对的地方改正1、选中要改的部分2、alter空格sele，空格ss=‘l’回车（不用更改命令！！）3、rebuild回车‘l’代表loop‘s’代表βsheet‘h’代表αhelix分析分子间的联系、距离1、4---Structureanalysi

pymol出图

1、display——background——改成 white

2、setting——edit all——ray——shade——改成0

3、ray空格2000，空格2000回车

4、save image 保存在英文目录下

pymol里面的结构不对的地方改正

1、选中要改的部分

2、alter空格sele，空格ss=‘l’回车（不用更改命令！！）

3、rebuild回车

‘l’代表loop ‘s’代表βsheet ‘h’代表αhelix

分析分子间的联系、距离

1、4---Structure analysis---analyse molecular areas

2、source chain C

Target chain A

3、run now

4、view file from job——view log file

5、

pymol电荷图产生

1、先移去水分子

2、A-generate-vacumm electrostatics

Average B Value For Main Chains Average B Value For Side Chains And Waters Average B Value For All Atoms计算

1、Ccp4——Programe——Baverage

2、输入pdb文件

3、Run now

4、view file from job——view log file

如果只写一个写这个Waters Average B Value For All Atom的值

改变ribbon的粗细

Set ribbon width，9，sele

Pymol 笔记

pymol出图1、display——background——改成white2、setting——editall——ray——shade——改成03、ray空格2000，空格2000回车4、saveimage保存在英文目录下pymol里面的结构不对的地方改正1、选中要改的部分2、alter空格sele，空格ss=‘l’回车（不用更改命令！！）3、rebuild回车‘l’代表loop‘s’代表βsheet‘h’代表αhelix分析分子间的联系、距离1、4---Structureanalysi

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