在鱼菜共生操作中，常见的有以下十大“坑”。
水质调控方面，一是未定期检测水质，鱼菜共生对水质要求严格，若不定期检测酸碱度、溶解氧等指标，会影响鱼和植物生长。二是盲目换水，频繁大量换水会破坏系统平衡，有益微生物群落难以稳定建立。
鱼的养殖上，一是选鱼不当，若选择不适宜共生环境的鱼类，易生病死亡，影响整个系统。二是养殖密度过高，会导致水中溶氧不足，鱼类排泄物过多，超出系统处理能力。
蔬菜种植环节，一是蔬菜品种选择有误，有些蔬菜不适合鱼菜共生环境，生长不良。二是种植密度不合理，过密会影响蔬菜采光和生长空间。
系统搭建方面，一是过滤系统不完善，无法有效过滤鱼的排泄物，导致水质恶化。二是供氧不足，鱼和微生物都需氧气，供氧不足会影响它们的生存。
还有日常管理问题，一是缺乏温度调控措施，温度不适会使鱼和植物生长受影响。二是忽视病虫害防治，一旦发生病虫害，若不及时处理，会迅速蔓延，破坏系统。详情
