卤牛肉保存方式的选择取决于食用时间。如果短时间内（2-3天）就会食用，冷藏保存比较合适。将卤牛肉放入保鲜袋或保鲜盒密封好，置于冰箱冷藏室，温度一般调至0-4℃。这样能抑制部分细菌生长繁殖，保持卤牛肉的口感和风味，拿出来后可直接食用或稍微加热。
要是较长时间内不打算食用，冷冻保存更适宜。把卤牛肉用保鲜膜包裹好，或装入密封袋挤出空气，放入冷冻室，温度通常在-18℃左右。在这样低温环境下，细菌生长基本被抑制，能延长卤牛肉保存时间，可保存几个月。不过冷冻后的卤牛肉口感会变硬变柴，食用时需充分解冻加热，加热后口感会有所恢复，但与冷藏保存的新鲜度相比仍有差距 。
