清洗太阳能热水器水垢有多种方式。
人工清理法，需先将太阳能热水器的水排尽，等水箱冷却后，打开太阳能热水器的排污口，把内部的水和部分水垢排出。接着用长柄刷子伸进水箱内部，手动刷洗附着在水箱壁上的水垢，刷洗完毕后再用大量清水冲洗。这种方式适合水垢较多且水箱结构便于操作的热水器。
化学清洗法，要购买专用的太阳能热水器除垢剂。将除垢剂按照说明书规定的比例，溶解在适量水中，再把溶液倒入太阳能热水器的水箱内。让热水器正常运行一段时间，使除垢剂与水垢充分反应，将水垢溶解。之后打开排污口，排出废水，反复用清水冲洗水箱，直到排出的水变清澈。
镁棒置换法，在太阳能热水器中安装镁棒，镁棒会优先与水中的钙、镁离子发生反应，从而减少水垢在水箱和真空管上的附着。定期检查镁棒的消耗情况，当镁棒消耗到一定程度时进行更换，能有效降低水垢生成量。
