巴氏消毒法有诸多好处，这里列举两点。一是能最大限度保留营养成分。该方法采用较低温度长时间或较高温度短时间加热，与高温灭菌相比，能在杀灭有害微生物的同时，减少对食品营养物质的破坏。以牛奶为例，经过巴氏消毒后，其中的蛋白质、钙、磷以及多种维生素等营养成分基本得以保留，人们饮用时可充分获取这些营养。二是能较好地保持食品原有风味。因为没有经历超高温处理，食品中的风味物质没有被过度破坏，像一些巴氏消毒的果汁，在杀灭可能存在的微生物后，依然能保留水果本身浓郁的果香和清新的口感，极大程度维持了产品原有的风味特色。
