耙耙柑放在冰箱里或常温下保存都可行，各有利弊。
常温保存适合短时间存放且数量不多的情况。将耙耙柑放在阴凉通风处，避免阳光直射和潮湿环境，能保存1 - 2周。这样保存的耙耙柑，口感和风味基本不会改变，随时可以取用，比较方便。不过，常温下细菌等微生物繁殖相对较快，时间一长，耙耙柑容易变质腐烂。
冰箱保存更适合想要延长保存时间的情况。把耙耙柑用保鲜膜或保鲜袋包好，放进冰箱冷藏室，温度调至0 - 5℃左右，能保存2 - 3周。低温环境可抑制微生物生长和呼吸作用，延缓果实衰老和变质。但从冰箱取出后，耙耙柑表面易因温度变化产生水珠，若不及时处理，可能加速变质，而且冷藏后的耙耙柑口感可能会偏硬，甜度感觉上也会有所降低。
