莲藕的正确储存办法因储存时间和条件而异。
短期储存时，若莲藕数量不多，可直接放冰箱冷藏。先把莲藕洗净，用保鲜膜包裹好，防止水分流失和串味，放入冰箱冷藏室，温度调至 5℃左右，能保存 3 - 5 天。也可以将莲藕泡在清水中，水要没过莲藕，每隔 1 - 2 天换一次水，这样能保持其鲜嫩，可保存 2 - 3 天。
长期储存的话，可采用泥土埋藏法。准备湿润的细土，在阴凉的室内地面先铺一层 10 厘米厚的土，将莲藕按顺序码放，一层莲藕一层土，堆高不超 1 米，最上面再覆盖 10 厘米厚的土。要定期检查，发现泥土干燥及时喷水保湿。还可以采用盐水浸泡法，将莲藕洗净，放入浓度为 10%的食盐水中浸泡，能抑制微生物生长，可保存较长时间，但食用前需用清水冲洗，去除盐分。
