在鱼菜共生领域，有一些常见问题需留意。
系统设计不合理是其一，若鱼池与种植床的比例不当，会导致水质难以平衡，影响鱼和植物生长。比如比例失调可能使植物无法充分吸收鱼产生的养分，造成水质恶化。
设备质量不佳也关键，劣质的水泵、增氧设备等易故障，影响系统运行。像水泵功率不足，无法保证水的正常循环。
鱼病防控不容忽视，一旦鱼生病，若处理不当，易在封闭系统中快速传播，甚至导致鱼大量死亡。
水质监测缺失也麻烦，不实时监测水质参数，无法及时调整，会让水质恶化影响鱼菜生存。
植物品种选择不当，若选了不适合共生环境的植物，生长不良，影响整体效果。
盲目追求规模，超出自身技术和管理能力，易出现各种问题难以应对。
缺乏专业知识，对鱼菜共生原理理解不深，操作失误多。
饲料选择错误，不合适的饲料会产生过多残渣和有害物，破坏水质。
忽视日常维护，不定期清理、检查，系统易出故障。
还有气候适应性问题，若系统未考虑当地气候，在极端天气下，鱼和植物都可能受影响 。详情
