通常使用的灭菌方式有多种。
物理灭菌法是常见类型。其中，热力灭菌应用广泛，包括干热灭菌，如使用烘箱对玻璃器皿等进行灭菌，利用高温使微生物脱水、蛋白质变性；湿热灭菌，像高压蒸汽灭菌，通过高温高压的蒸汽，能快速有效杀灭各种微生物，常用于培养基、手术器械等的灭菌。辐射灭菌也属于物理法，如紫外线灭菌，可用于空气和物体表面消毒；还有电离辐射，用于不耐热的医疗器械等的灭菌。
化学灭菌法也常被采用。使用化学消毒剂，如甲醛、戊二醛等，能使微生物蛋白质凝固变性、酶失活等，从而达到灭菌目的，可用于环境、物品表面等的消毒灭菌。
过滤灭菌则是通过过滤的方式，将液体或气体中的微生物除去，适用于一些不耐热的药液、血清等的除菌。详情
