砂糖橘的留存效果受多种因素影响，不同场景下有不同较好的办法。
家庭少量留存时，可先挑出有损伤、变质的果实，把好果放入保鲜袋，尽量排出空气后扎紧袋口，放在冰箱冷藏室，温度调至 2 - 4℃左右，这种环境能降低果实呼吸作用和水分流失速度，一般可保存 1 - 2 周。若没有冰箱，可找一个阴凉通风处，将砂糖橘放在竹篮或纸箱内，底下垫一层纸，定期检查，挑出坏果，能保存数天。
大量留存砂糖橘，比如商家或果农，可采用地窖贮藏法。先对地窖消毒，在地窖底部铺上麦秸等缓冲物，将果实分层堆放，注意留通风道，定期检查温湿度并适当通风换气，能保存较长时间。气调贮藏也是不错选择，通过调节贮藏环境中氧气、二氧化碳等气体浓度和温度、湿度，抑制果实新陈代谢，延长保鲜期，不过这种方法需要专业设备。
