过滤器的清洗方式因类型和材质而异。对于可反复使用的滤网式过滤器，若污染不严重，可直接在水龙头下冲洗，用软毛刷轻轻刷去表面杂质；若油污较重，可使用温和的清洁剂浸泡一段时间后再冲洗。
纸质过滤器通常不能水洗，当堵塞时，一般建议直接更换新的，以保证过滤效果。
活性炭过滤器，为避免破坏其吸附结构，不能大力揉搓或用清洁剂清洗，可在清水中轻轻漂洗，去除表面大颗粒杂质，之后放在通风处自然晾干。
对于一些精密的过滤器，如空气净化器中的高效滤网，清洗不当可能会损坏滤网结构，降低过滤性能，这种情况下可查看产品说明书，按指导操作，或联系专业售后人员进行维护清洗。
工业上使用的大型过滤器，清洗方式更为复杂，可能会采用反冲洗，即通过反向流动的清洁介质，将过滤介质上的杂质冲走；还可能会用到化学清洗，使用特定的化学药剂溶解或去除顽固的污染物，但需谨慎选择药剂，避免腐蚀过滤器。
