杀好的甲鱼选择冷藏还是冷冻保存，取决于计划食用的时间。
如果在2-3天内就会烹饪食用，冷藏保存比较合适。将杀好的甲鱼用保鲜膜包裹好，放入冰箱冷藏室，温度调至0-4℃。这样能在一定程度上抑制细菌滋生，保持甲鱼的新鲜度，其肉质和口感受影响较小，后续烹饪时能较好地保留原有风味。
要是短时间内不打算食用，冷冻保存是更好的选择。把杀好处理干净的甲鱼装入保鲜袋，挤出空气后扎紧袋口，放入冰箱冷冻室，温度调至-18℃左右。在这样低温的环境下，细菌等微生物的生长繁殖几乎停滞，甲鱼可以保存几个月甚至更久。不过，冷冻后的甲鱼在解冻时，细胞结构被破坏，水分流失，可能会使肉质的鲜嫩度和弹性有所下降。
