熏豆腐的保存方式会因季节和预期保存时长而有所不同。
常温保存适合短期储存。若室内温度较低且通风良好，可将熏豆腐放在干净的竹篮或透气容器中，置于阴凉通风处，能保存1 - 2天。比如在北方的冬季室内，这种方式较为可行。
冷藏保存能延长保质期。把熏豆腐用保鲜膜或保鲜袋密封好，防止串味和水分流失，放入冰箱冷藏室，温度调至0 - 5℃，可保存3 - 5天。家庭日常储存常采用这种方法。
冷冻保存适合长期保存。将熏豆腐切块后装入保鲜袋，挤出空气，放入冰箱冷冻室，温度调至 - 18℃左右，能保存几个月。食用时提前取出解冻即可，但冷冻后的熏豆腐口感可能会稍有变化。
此外，还可以用盐水浸泡保存。烧一锅开水，加入适量盐搅拌至溶解，放凉后将熏豆腐完全浸没在盐水中，再置于阴凉处，能保存数天。
