水果糖的保存时间受多种因素影响。一般来说，未开封的普通水果糖在适宜条件下能保存12 - 18个月。
硬水果糖的保存时间相对较长，通常在18个月左右。这是因为其水分含量低，不利于微生物生长繁殖，只要储存环境干燥、阴凉，就能保存较久。比如常见的薄荷硬糖，在密封且环境合适时，18个月内品质基本能得到保证。
软水果糖由于含有较多水分和油脂，保质期相对短些，大概12个月。水分和油脂的存在可能使糖果在储存过程中更容易发生变质，像一些夹心软糖，存放时间过长可能出现变软、变形、发霉等情况。
开封后的水果糖保存时间会大幅缩短。接触空气后，水分、微生物等会影响其品质，硬水果糖开封后建议在1 - 2个月内吃完，软水果糖则最好在半个月到1个月内吃完。详情
