南京北站处古墓突然消失可能有多种原因。一种可能是因自然因素。长时间的地质变动、水土流失等，可能逐渐改变地貌，导致古墓被掩埋得更深或者被自然力量破坏，使得原本能被发现的古墓踪迹不再明显 。比如一些地区因河流改道、山体滑坡等，让地下的古墓结构被破坏，地面标识消失。
另一种可能是人为因素。在城市建设、工程施工过程中，如果事先未进行详细考古勘探，施工活动可能意外破坏古墓，导致其“消失”。南京北站周边随着交通枢纽建设等工程推进，大规模的土地平整、挖掘作业增多，若古墓位置信息掌握不全面，就可能在施工中被拆除或破坏，最终难以寻其踪迹。此外，非法盗掘也可能对古墓造成毁灭性打击，盗墓者的不当挖掘可能破坏古墓结构，之后再加上环境因素影响，古墓就难以被发现了。
