东莞南站和虎门站在旅客换乘便利性方面存在一些区别。
东莞南站规模较大，是综合交通枢纽，接入了赣深高铁等线路。站内布局现代化，设有清晰的指示标识，引导旅客前往不同候车区、出站口等。但因规模大，不同交通方式的换乘距离可能相对较远，旅客在站内步行时间可能较长。不过，站内配备了自动扶梯、直梯等设施，方便携带行李或行动不便的旅客快速换乘。周边配套交通有公交、出租车等，与城市交通衔接较好，能实现多种交通方式的便捷转换。
虎门站主要承担广深港高铁的客运任务。站房相对较小，旅客从下车到换乘其他交通方式的路程较短，站内指示标识也较为明确，旅客能较快找到换乘通道。其位于虎门镇中心区域，周边交通换乘设施布局紧凑，公交、出租车等交通站点距离站房较近，旅客出站后能迅速实现换乘，前往市内各地。但由于站房规模限制，在高峰时段，换乘空间可能相对拥挤，一定程度上影响换乘体验 。
