在日本乘坐公交，付费方式多样。
最常见的是使用交通卡。如 Suica 卡（西瓜卡）、PASMO 卡等，在便利店、车站的自动售票机等都能购买和充值。上车时，只需将交通卡靠近读卡器感应即可完成付费，方便快捷，而且这些卡还能用于地铁、火车等其他公共交通。
现金支付也可行。上车时，司机会给乘客一张整理券，上面标有上车位置对应的号码，下车前，根据车内显示屏或语音提示得知应付金额，将整理券和现金一起投入司机旁边的收费箱。如果没有正好的零钱，车上一般有换零钱的机器可以使用。
部分公交还支持移动支付，一些手机支付软件如 PayPay 等，在绑定银行卡后，乘车时出示支付码就能付费。此外，还有一些公交公司发行的专门乘车券，购买后按规定使用即可完成付费。
