保存羊肚菌的最佳手段因情况而异。新鲜羊肚菌数量少且短期内食用，可放冰箱冷藏，用保鲜膜或保鲜袋包好，温度调至2 - 4℃，能保存3 - 5天，这样可保持其新鲜度和口感。
若想长期保存，可选择烘干法。先把羊肚菌洗净，去除杂质，按大小分好。接着用烘干机或在通风好、温度50 - 60℃的地方烘干，注意勤翻面，确保受热均匀，直至完全干燥，含水量在13%左右。干燥的羊肚菌用密封袋或密封罐装好，放在阴凉干燥处，能保存1 - 2年。
也可采用冷冻保存。将羊肚菌洗净，放沸水中焯2 - 3分钟，捞出沥干水分，装入保鲜袋或保鲜盒，挤出空气，放冰箱冷冻室，温度调至 - 18℃左右，能保存几个月，吃时取出解冻即可，不过口感可能稍有变化。详情
