抗体药物和疫苗在研发过程存在多方面差别。
靶点确定上，抗体药物研发需精准找到与疾病相关的特定抗原靶点，像肿瘤治疗中针对癌细胞表面独特蛋白；疫苗研发则要筛选能引发机体有效免疫反应的病原体抗原，如流感疫苗针对流感病毒特定毒株的关键抗原。
研发周期不同，抗体药物从靶点发现到上市一般需 8 至 15 年，其中临床前研究 2 至 3 年，临床试验 5 至 10 年；疫苗研发通常要 10 至 15 年，临床前研究可能 3 至 5 年，临床试验 7 至 10 年，不过在紧急情况下，如新冠疫情时，疫苗研发周期可大幅压缩。
生产工艺有别，抗体药物多通过基因工程技术，利用哺乳动物细胞表达系统大规模生产，对生产条件和质量控制要求高；疫苗生产因类型而异，灭活疫苗通过培养病原体再灭活制成，减毒活疫苗需对病原体进行减毒处理，重组疫苗则借助基因工程技术生产，生产工艺复杂程度和质量控制重点不同。
临床研究方面，抗体药物临床试验重点关注安全性、有效性及药代动力学特征，主要用于治疗已患病个体；疫苗临床试验侧重于评估安全性、免疫原性和长期保护效果，主要用于健康人群预防疾病，样本量和观察周期也有所不同。
