秦彻与女主的关系在《恋与深空》中是复杂而深刻的。他们之间的联系可以从过去和现在两个层面来理解。
首先，他们的过去有着千丝万缕的联系。十四年前，女主曾作为实验体在N109区经历了一次以太芯核能量的异变，而秦彻作为基地研究员，在那时与女主有了初次的交集。在女主心脏承受不住强大力量而爆发之际，她所看到的红色眼球，极有可能就是秦彻的眼睛。这一记忆片段成为了他们两人之间无法割舍的情感纽带。
其次，在现在的时间线上，秦彻已经建立了暗点组织，并一直保持着对女主的关注和监视。他不断抓捕变异体进行研究，目的是更加了解芯核的能量，希望通过改造芯核来保护女主。这种保护欲和深厚的情感，体现了秦彻对女主的深情厚意。
综上所述，秦彻与女主的关系不仅仅局限于简单的相识或友情，而是包含了深刻的情感纠葛和过去的共同回忆。他们在《恋与深空》的故事中，无疑是一对具有深厚情感基础的重要角色。
