水果糖普遍的保质期在12 - 24个月左右。不过，这一期限会受多种因素影响。
如果水果糖的配料中含有较多天然成分，如天然果汁、果肉等，相对来说保质期可能会短一些，大概在12个月左右，因为天然成分更易受微生物影响而变质。而那些使用较多人工合成添加剂、防腐剂的水果糖，保质期可能会长达24个月 ，这些添加剂有助于抑制微生物生长，延长糖果保存时间。
储存条件对水果糖保质期影响也较大。若将水果糖存放在干燥、阴凉、温度适宜（一般为10 - 25℃）、相对湿度在60%以下的环境中，保质期能更接近标注时长。但要是环境潮湿，水果糖容易受潮变软、滋生细菌；温度过高则可能导致糖果融化变形，都会使保质期缩短。
