保存桂圆的方式多样。常温保存时，需挑选无损伤、无变质的桂圆，装入干净塑料袋，挤出空气扎紧袋口，放在阴凉通风处，能保存3 - 5天。这种方式适合短期内食用的情况。
冷藏保存可延长保质期。先把桂圆洗净晾干，装入保鲜袋或保鲜盒，密封好后放入冰箱冷藏室，温度调至0 - 5℃，能保存1 - 2周。注意取出后要等桂圆恢复到室温再食用，以免口感过冷不适。
冷冻保存能让桂圆保存更久。将处理好的桂圆装入密封袋，尽量排出空气，放入冰箱冷冻室，温度调至 -18℃左右，可保存数月。食用时提前取出解冻，虽口感会有变化，但能保留大部分营养。
还可以制成桂圆干保存。把新鲜桂圆洗净晾干，用剪刀剪去果柄，放入烘干机，50 - 60℃烘8 - 12小时，或用烤箱低温烘烤，待桂圆外壳变干变硬、果肉缩水即可。制成的桂圆干置于干燥容器，放在阴凉干燥处，能保存半年至一年。
