五花柚保存方法因保存时长和条件而异。短期保存时，可将五花柚放在阴凉通风处，避免阳光直射和潮湿环境，能保存1 - 2周。这是因为通风干燥环境可减少细菌滋生，延缓果实变质。也可将其放入冰箱冷藏，温度调至 2 - 4℃，用保鲜膜包裹，能延长至2 - 3周。低温环境可抑制果实呼吸作用和微生物生长，但要注意防止冻伤。
若想长期保存，可制作成柚子酱。先将五花柚洗净，削下外皮，尽量去除白色部分以减少苦味，切成细丝后用盐水浸泡1 - 2小时，期间换水2 - 3次。柚子果肉去皮去核，将处理好的柚子皮和果肉放入锅中，加入适量冰糖和水，小火慢熬，期间不断搅拌，直至浓稠成酱状，放凉后装入消毒过的密封罐，放入冰箱冷藏，可保存数月。
