羊肚菌有多种保存手段可延长保存时间。
冷藏保存是较为常用的方式。将新鲜羊肚菌清理干净，放入保鲜袋或密封容器，挤出空气，置于冰箱冷藏室，温度调至0-4℃，这样能保存3-5天，期间可随时取出烹饪。
冷冻保存能让羊肚菌保存更久。先把羊肚菌洗净，按每次食用量分成小份，装入保鲜袋或密封袋，尽量排出空气，放入冰箱冷冻室，温度保持在-18℃左右，可保存一年，但冷冻后的羊肚菌口感可能会有变化。
制成干品也是不错的保存方法。把羊肚菌洗净，沥干水分，放在通风良好、干燥的地方晾晒，或用烘干机在50-60℃烘干，待其完全干燥后，装入密封袋或密封罐，放在干燥、阴凉处，可保存数年，食用时用温水泡发即可。
还可以用盐渍保存。把新鲜羊肚菌洗净，放入盐水中浸泡，盐水浓度为10%-15%，浸泡20-30分钟后捞出，沥干水分，装入密封容器，再倒入浓度为20%-25%的盐水，淹没羊肚菌，置于阴凉处，可保存几个月。
