花甲保存方法多样，可根据不同需求选择。若要短期保存，可将花甲放入清水中，滴入几滴香油，让花甲吐尽泥沙，然后放置在阴凉处，能存活1 - 2天 。
如需稍长时间保存，可把吐沙后的花甲捞出，装入密封袋，挤出空气，放入冰箱冷藏室，温度调至0 - 5℃，这样能保存3 - 5天。
要是想长期保存，可先将花甲煮熟，取出花甲肉，用清水冲洗干净，沥干水分后装入密封袋或保鲜盒，放入冰箱冷冻室，温度调至-18℃左右，能保存几个月。
另外，还可以把花甲放在盐度为2.5% - 3%、水温18 - 20℃的人工海水中，增氧泵持续增氧，这样能让花甲存活较长时间，适合大量保存。
