福州站和福州南站在交通衔接便利性上各有特点。
福州站建成时间较早，位于市区，周边交通网络成熟。在铁路交通方面，它承担着众多普通列车和部分动车的停靠任务，对于习惯乘坐普通列车出行，或前往一些动车覆盖不全面地区的旅客来说，选择福州站乘车更为合适。在市内交通衔接上，周边公交线路丰富，能方便地前往市区各处，附近还有地铁站，地铁1号线可快速到达城市主要区域，公交和地铁换乘便捷，便于旅客在市区内转换交通方式。
福州南站是后建成的大型高铁站，主要承担高铁列车的停靠。随着高铁网络不断完善，很多长途出行选择高铁更为快捷，从这里出发可快速抵达国内多个重要城市。在交通衔接上，虽然公交线路不如福州站密集，但也在不断完善，并且也有地铁线路经过，地铁1号线延伸线使南站与市区联系紧密。此外，南站周边的交通设施规划更现代化，停车场等设施布局合理，对于选择自驾前往车站乘车或到站后需要自驾出行的旅客，停车和进出站相对更便利。
总体而言，如果前往的目的地普通列车可达且希望在市区内交通转换更丰富多样，福州站出行更方便；如果是乘坐高铁长途出行，或更看重现代化交通设施和自驾便利性，福州南站会更合适 。
