海关锁设置密码的方式因锁的类型不同而有差异。常见的有以下两种：
机械海关锁。一般先将锁处于开启状态，通常初始密码多为000 。然后在锁的侧面或底部找到一个小孔或拨动开关，用尖锐物体（如牙签）插入小孔或拨动开关，同时转动密码轮设置想要的密码。设置完成后，松开小孔或开关，新密码就设置好了。
电子海关锁。先打开锁，可能通过初始密码或其他方式开启。之后按下锁上的设置键，有的锁设置键可能在电池盒附近。按下设置键后，密码指示灯会闪烁，此时通过密码键盘输入新的密码。输入完成后，再次按下设置键确认，指示灯停止闪烁，新密码设置成功。
不同品牌和型号的海关锁在操作细节上会有不同，设置密码前建议仔细阅读产品说明书。
