明珠站和珠海站存在多方面区别。
位置上，明珠站位于珠海市香洲区明珠北路，珠海站则地处珠海市香洲区昌盛路。明珠站位置相对偏北，珠海站更靠近市中心及海边区域。
规模方面，珠海站规模较大，作为广珠城际铁路的重要站点，是一座大型现代化车站，站房面积和站台数量较多，能容纳大量旅客候车和乘车。明珠站规模相对较小。
线路与车次上，珠海站主要承担广珠城际铁路的列车停靠，有较多开往广州、中山等城市的车次，且多为直达或大站快车。明珠站除广珠城际铁路部分车次外，还有一些普通铁路车次经停，车次数量相对珠海站少，运营线路覆盖范围更广。
功能定位上，珠海站是城市重要交通枢纽，与城市轨道交通、公交等多种交通方式紧密衔接，方便旅客快速换乘，主要服务商务出行和旅游客流。明珠站不仅服务于城市交通，还兼顾周边地区居民出行需求，在服务城市与周边联系方面发挥重要作用。
