在日本乘坐公交车，有多种付费方式。
最常见的是使用现金。上车时，从前门上车拿整理券，上面有号码，下车时根据车内显示屏上对应号码显示的金额，将现金投入司机旁边的投币箱。投币箱可接受100日元、500日元、1000日元硬币和纸币，若没有零钱，车内一般设有换零钱机器。
使用交通卡也很便捷，比如Suica卡（西瓜卡）、PASMO卡等。上车和下车时，只需将交通卡贴近司机旁边或车门处的读卡器感应即可完成扣费，无需拿整理券，使用起来快速方便，而且在很多便利店、自动贩卖机等地方都能充值。
部分公交车还支持移动支付，像一些支持NFC功能的手机，绑定信用卡或借记卡后，通过手机支付软件贴近读卡器付费。此外，一些旅游地区的公交车可能还接受专门的旅游交通卡付费，为游客提供便利。
