大多数常见的食用菌并未被国家禁止，它们因营养丰富、味道鲜美，在市场上广泛流通和食用。不过，存在一些特殊情况导致个别“食用菌”被管控。
一些外形与可食用蘑菇相似的毒蘑菇，如鹅膏菌属的部分种类，毒性极强，误食可能导致严重中毒甚至死亡。为避免民众误食引发悲剧，国家会对其进行管控。
还有一些野生珍稀食用菌品种，如块菌中的某些种类，由于过度采集导致资源数量急剧减少，为保护物种多样性和生态平衡，国家将其列入保护名录，禁止非法采集、买卖、收购、加工国家保护野生食用菌或破坏其生长环境。
此外，某些人工培育的食用菌，若在生产过程中违规使用大量违禁农药、添加剂等，不符合食品安全标准，这类产品也会被禁止销售，以保障消费者的健康安全。
