处理水垢有多种办法。在厨房中，可利用白醋除垢。将适量白醋倒入有水垢的容器，如烧水壶，浸泡一段时间，白醋中的醋酸能与水垢发生反应，溶解水垢，之后冲洗干净即可。也可以用柠檬片，把柠檬切成薄片放入容器中，加入热水，浸泡一段时间，柠檬中的酸性成分同样有助于去除水垢。
对于一些难以清洗的缝隙或小物件上的水垢，小苏打是不错的选择。将小苏打制成糊状，涂抹在水垢处，用刷子轻轻刷洗，能有效去除顽固水垢。
在工业或较大规模的设备除垢中，可使用专业的水垢清洗剂，这类清洗剂除垢能力强，但使用时要注意按照说明书操作，做好防护措施。
此外，还可以通过物理方法处理水垢。比如安装合适的水质软化器，通过离子交换等方式降低水中钙、镁等离子的含量，从源头上减少水垢的产生。对于一些热交换设备，采用电磁除垢器，利用电磁场改变水垢晶体结构，使其不易附着在设备表面。
