佛跳墙的妥善保存方式因保存时长而异。
若是短期保存，比如当天或隔天就食用，可将其放在冰箱冷藏。先把佛跳墙装入干净密封容器，防止串味和受其他食物污染，再放进冰箱冷藏室，温度调至0 - 4℃。这种环境下，佛跳墙能保存1 - 2天，风味和品质基本不受影响。
要是想长期保存，冷冻是较好选择。将佛跳墙分成合适小份，装入密封袋或密封容器，尽量排出空气后放入冰箱冷冻室，温度调至 -18℃左右。如此，佛跳墙可保存3个月左右。食用时提前取出，放冷藏室解冻，或用微波炉解冻模式解冻，之后小火慢炖加热，让其恢复原有口感和风味。
