部分鱼缸过滤器具备一定过滤盐水的功能，但效果因类型而异。
物理过滤方面，通过过滤棉等部件，能拦截盐水中的杂质、鱼粪、残饵等固体颗粒，无论淡水还是盐水环境都适用。比如普通的上滤、底滤等，都能依靠过滤棉初步净化水质，让盐水变得清澈一些。
化学过滤上，活性炭等滤材可以吸附盐水中的部分有害物质、异味和色素等。活性炭有强大的吸附性，在盐水环境中能去除一些溶解在水中的杂质，不过对盐分本身并没有去除作用。
生物过滤上，一些过滤器培养的硝化细菌等有益菌，能分解盐水中的氨氮等物质，维持水质稳定。像滴流盒过滤器，能为有益菌提供良好的生存环境，在盐水缸中也有助于水质净化。
然而，鱼缸过滤器不能去除盐水中的盐分。如果想淡化盐水，还需借助专门的海水淡化设备，如反渗透净水器等。
