龙眼有多种有效的保存手段。冷藏保存是常见方法，先将龙眼洗净晾干，装入保鲜袋并挤出空气，放入冰箱冷藏室，温度调至 0 - 4℃，这种方式能保存 3 - 5 天，可保持较好的口感和新鲜度。
冷冻保存能延长保存时长，把龙眼去核后将果肉放入保鲜袋，尽量排出空气，再放进冰箱冷冻室，温度设置在 -18℃左右，如此能保存几个月，不过冷冻后的龙眼口感会变得像冰沙。
制成龙眼干也是不错的保存办法。先把龙眼洗净，用开水烫泡 2 - 3 分钟进行消毒，然后捞出沥干水分，放在阳光下暴晒或用烘干机烘干，期间要不时翻动确保均匀干燥，制成的龙眼干能保存较长时间，可用于泡茶、煲汤等。
此外，还可将龙眼制作成果酱保存。把龙眼去核去皮后放入锅中，加入适量冰糖和水，小火慢煮并不断搅拌，煮至浓稠状，趁热装入干净且消毒过的玻璃瓶，密封后倒置，能保存一段时间，可用于涂抹面包等。
