东莞南站和虎门站在地理位置上存在诸多差异。东莞南站位于东莞市塘厦镇，处于东莞东南部。其周边多为新兴的产业园区和居民区，随着城市发展不断进行规划建设，周边配套设施逐步完善。这里交通便利，不仅有多条城市道路连接，也为塘厦及周边地区居民出行提供了重要交通枢纽。
虎门站则地处东莞市虎门镇，位于东莞西南部。虎门镇本身是东莞重要的经济强镇，商业氛围浓厚，工业基础扎实。虎门站周边商业设施较为成熟，临近虎门的繁华商圈，人流量大。由于虎门镇的经济活力，虎门站周边的商务活动频繁。
从铁路线路布局来看，东莞南站主要服务赣深高铁等线路，加强了东莞与江西等内陆地区的联系，对推动区域经济交流、带动沿线发展有重要意义。而虎门站是广深港高铁的重要站点，更侧重于加强东莞与广州、深圳以及香港等城市的快速连接，在大湾区交通网络中扮演关键角色，促进大湾区内部的互联互通和协同发展 。
