要让菠萝蜜长时间保持新鲜存放，可根据处理情况选择不同方法。如果是完整未切开的菠萝蜜，可直接放在阴凉通风处，避免阳光直射和潮湿环境，能保存3 - 5天。要是想存放更久，可整个用保鲜膜包裹好，放入冰箱冷藏，温度调至 5 - 10℃，这样能保鲜一周左右。
对于已经切开的菠萝蜜，先将果肉从果壳中取出，把有核的果肉和果核分离。然后用保鲜膜把果肉包好，尽量排出空气，放入保鲜盒，再放进冰箱冷藏，能存放2 - 3天；若要长时间保存，可将果肉装入保鲜袋，挤出空气，放入冰箱冷冻室，温度调至 -18℃左右，能保存几个月，吃的时候取出解冻即可。
此外，还可以准备一盆盐水，将菠萝蜜果肉浸泡其中，能在一定程度上抑制细菌滋生，延长保鲜时间，但这种方法存放时间较短，一般建议尽快食用。
