冷冻生蚝本身一般无毒，但处理不当或保存不佳可能带来风险。
冷冻生蚝若在捕捞、加工、运输、储存等环节受污染，可能携带细菌、病毒和寄生虫等病原体。比如副溶血性弧菌，在适宜条件下可大量繁殖，人食用后可能出现腹痛、腹泻、呕吐、发热等食物中毒症状，严重时会导致脱水、电解质紊乱，甚至威胁生命。诺如病毒也常污染贝类，感染后会引发恶心、呕吐、腹泻等，尤其对儿童、老人和免疫力低下者危害较大。
此外，生蚝生长在海洋环境中，若海域受重金属（如汞、铅、镉）、农药残留或其他化学污染物污染，生蚝会富集这些有害物质。长期或大量食用受污染的冷冻生蚝，这些物质在体内蓄积，可能损害人体的神经系统、肝脏、肾脏等器官。不过，若冷冻生蚝来源正规、加工处理和储存得当，经过充分烹饪杀灭有害生物，食用风险会大大降低 。
