耙耙柑的合适保存方法因情况而异。
常温保存时，要先检查耙耙柑，挑出有损伤、变质的果子。然后用干净的纸巾将每个耙耙柑擦干，放在通风、干燥、阴凉的地方，避免阳光直射，这样能保存1 - 2周。
塑料袋贮藏法也可行，把挑选好的耙耙柑装入塑料袋中，扎紧袋口，放在阴凉处。每隔几天打开袋子透气10 - 15分钟，防止产生水汽导致果实发霉腐烂，这种方式能保存2 - 3周。
冰箱冷藏能延长保存时间，先用保鲜膜将耙耙柑逐个包裹好，放入保鲜袋或密封容器中，再放进冰箱冷藏室，温度调至4 - 6℃。不过要注意，从冰箱取出后不要立即食用，应放置一会儿，让其恢复常温，否则可能影响口感，冷藏可保存1 - 2个月 。
