保存牡蛎有多种途径。如果是短期保存鲜活牡蛎，可将其放在冰箱冷藏。把牡蛎装入有透气孔的袋子或容器，底部铺上湿毛巾或湿报纸以保持湿润，温度调至0 - 5℃，这样能保存1 - 2天 。
也可以选择用海水保存。若有海水，把牡蛎放入干净容器，倒入海水淹没牡蛎，置于阴凉处，能让牡蛎存活一段时间。没有海水的话，也可用盐水模拟，调配与海水浓度相近的盐水，约3.5%的盐度，保存效果也不错。
要是想长期保存牡蛎，可将其煮熟后冷冻。先把牡蛎蒸熟或煮熟，取出肉，用清水洗净，沥干水分后装入密封袋或保鲜盒，挤出空气，放入冰箱冷冻室，能保存几个月。
还能制成干货保存。把牡蛎肉洗净，在太阳下暴晒或用烘干机烘干，待其完全干燥后，装入密封容器，放在干燥阴凉处，可保存较长时间。
