从遗传学角度看，同母异父和同父异母的血缘关系亲近程度理论上是一样的。人类有23对染色体，其中22对常染色体，1对性染色体。无论是同母异父还是同父异母，子女都会从父母那里各继承一半的染色体。
对于同母异父的兄弟姐妹，他们从母亲那里继承了相同或部分相同的染色体，从不同父亲处获得不同染色体；同父异母的兄弟姐妹则是从父亲那里继承相同或部分相同染色体，从不同母亲处获得不同染色体。
在常染色体遗传上，二者都共享一位共同亲代的遗传物质，数量大致相同。性染色体方面，同父异母的姐妹从父亲那里继承相同的X染色体；同母异父的兄弟从母亲那里继承相同的Y染色体。
不过在实际生活和文化观念中，不同地区和文化对二者的认知存在差异。一些文化更看重父系血缘，可能觉得同父异母的关系更亲近；而在另一些重视母系传承的文化里，或许会认为同母异父的关系更紧密 。
