保存海蜇头有多种办法。
新鲜海蜇头含水量高，若短期保存，可将其洗净，用盐水浸泡。准备浓度约20% - 30%的盐水，把海蜇头完全浸没其中，能抑制微生物生长，可保存数天。
要是想长期保存，可先把海蜇头用清水冲洗干净，去除泥沙杂质。接着放入沸水中焯烫一下，时间不宜过长，几秒钟即可，让海蜇头稍微收缩。捞出后沥干水分，装入密封袋或密封容器，放入冰箱冷冻室，能保存数月。
还可以用矾渍法。将海蜇头洗净，一层海蜇头一层明矾盐（用明矾和盐按一定比例混合）码放，置于阴凉通风处。明矾盐能吸出多余水分并起到防腐作用，可保存较长时间。
