南京南站南进站口和北进站口在一些方面存在差异。
位置上，南进站口和北进站口分别处于车站相对的两侧，旅客可根据自身所处方位、交通换乘便利性等选择。比如，若从南部地区赶来，选择南进站口可能更便捷；从北部过来，北进站口或许是更好的选择。
交通配套方面，南北进站口周边交通情况有别。南进站口附近可能公交线路、出租车停靠点的分布与北进站口不同，旅客可提前了解以便选择合适的交通方式前往。
进站后的功能区域布局也有差异。站内候车区域、商业设施、服务窗口等的分布可能不同。有些旅客可能发现南进站口附近餐饮店铺更多，而北进站口周边便利店更密集；或者南进站口附近的卫生间位置与北进站口周边卫生间的位置和使用情况不同。
