巴中站和巴中东站在功能设置上存在一些差异。巴中站作为传统铁路站点，承担着基本的铁路客运功能，为旅客提供购票、候车、乘车等常规服务。站内设有售票窗口和自助售票设备，满足不同旅客的购票需求；候车区域能容纳一定规模的旅客候车休息。它在车次安排上，兼顾了多个方向的线路，方便旅客前往不同城市。
巴中东站是新建的高铁站，在功能设置上更具现代化和高效性。除了具备基本的购票、候车功能外，其设施布局更加合理、先进。售票方面，自助售票设备更为丰富，方便旅客快速购票。候车区域宽敞明亮，配套设施更加完善，有更舒适的座椅、先进的电子显示屏实时提供车次信息等。而且巴中东站主要服务于高铁线路，在提升出行速度的同时，也加强了巴中与国内主要城市的快速连接，在高铁网络中发挥着重要的交通枢纽功能，促进了人员和物资的快速流通。
