南通站与南通西站在车次安排上不一样。
南通站建成时间较早，位于南通主城区，承担了较多普速列车的停靠，也有部分动车组列车。它在服务本地及周边旅客出行方面发挥重要作用，车次覆盖了一些中长途的普速线路，方便旅客前往国内一些传统铁路交通线上的城市。
南通西站是较新的高铁站，以动车组列车为主。其车次更多地与高铁网络相连，侧重于服务长三角地区以及更远地区的快速出行需求。比如有较多车次前往上海、南京等长三角核心城市，方便商务出行和旅游，在车次方向和密度上与南通站存在差异。
由于两个车站定位和设施情况不同，在车次安排上各有侧重，以满足不同旅客的出行需求和优化铁路运输布局。
