智轨与公交车在运营成本上存在多方面差异。
车辆购置成本上，智轨列车相对较高。它融合了现代轨道交通技术，车辆的研发、制造工艺复杂，配备先进的智能控制系统、导向系统等，导致单辆车价格较贵。公交车技术成熟，车型多样，普通公交车购置成本较低，即使是新能源公交车，价格也通常低于智轨列车。
在基础设施建设成本方面，智轨虽无需像传统轨道交通那样建设轨道，但要建设专门的车站、站台，配备智能信号系统等，前期建设投入大。公交车只需设置简单的公交站台，成本低很多。
运营能耗成本上，智轨一般采用电力驱动，能源效率较高，单位能耗可能低于同载客量的燃油公交车。若使用新能源公交车，二者能耗成本差距缩小。
人力成本方面，智轨和公交车都需司机，但智轨智能化程度高，可能在调度等环节所需人力相对少一些。
维修保养成本上，智轨技术复杂，零部件精密度高，维修保养难度和成本大；公交车维修技术成熟，成本相对较低。
