燕窝果的保存措施因成熟度而异。
对于未成熟的燕窝果，适宜放在阴凉通风处，能保存3 - 5天。也可以装入塑料袋，扎紧袋口，置于冰箱冷藏，温度调至5 - 10℃，这样能存放7 - 10天，延缓其成熟速度。
若是成熟的燕窝果，尽快食用为好。若需短时间保存，可直接放入冰箱冷藏，温度保持在2 - 4℃，能保鲜2 - 3天，可防止细菌滋生，延长保鲜期。要是想长期保存，可将燕窝果去皮、去核后切成小块，装入保鲜袋或保鲜盒，放入冰箱冷冻室，温度设为 -18℃左右，能保存几个月，食用时取出解冻即可。不过冷冻后的燕窝果口感和新鲜时相比会有所不同。
