海蜇头保存方法因需求而异。鲜海蜇头含水量高、易变质，若短期保存，可将其放在清水中浸泡，每天至少换水 2 次，以保证水质清洁，维持海蜇头新鲜度。
要是想长期保存，可先将海蜇头用清水洗净，去除泥沙等杂质，然后按每 500 克海蜇头加入 50 克盐、5 克矾的比例，一层海蜇头一层盐矾，放入容器中腌制。腌制 3 - 5 天后，倒出渗出的汁水，重新加入新的盐矾水，再次腌制 7 - 10 天，这样处理后能存放较长时间。
还可以将洗净的海蜇头放入保鲜袋，挤出空气，再放入冰箱冷冻室，冷冻保存的海蜇头能保持较长时间的品质，但食用前需提前取出解冻。
