鲜龙眼要保存较长时间，有多种办法。冷藏保存是较为常见的方式。先把鲜龙眼洗净晾干，装入保鲜袋或保鲜盒，挤出空气后放入冰箱冷藏室，温度调至0-4℃，这种方法能保存3-5天，可保持较好的口感和新鲜度。
冷冻保存能延长保存期限。将鲜龙眼去核后，把果肉放入保鲜袋或保鲜盒，尽量排出空气，放入冰箱冷冻室，温度调至-18℃左右，如此能保存几个月，不过冷冻后的龙眼口感会变得像冰沙，与新鲜时有所不同。
还可以制成龙眼干保存。先把鲜龙眼洗净，放入开水中烫煮2-3分钟进行杀青，捞出沥干水分，然后放在阳光下暴晒或用烘干机烘干，烘干温度控制在60-70℃，持续约24-36小时，直至龙眼完全干燥，制成的龙眼干可保存半年至一年。
