大黄鱼的妥善保存方法因保存时长而异。短期保存时，可先将新鲜大黄鱼去除内脏和鱼鳞，用清水洗净，然后用厨房纸巾把鱼身表面的水分彻底吸干，以减少细菌滋生。接着将鱼放入保鲜袋或保鲜盒，置于冰箱冷藏室，温度调至0-4℃，这样能保存1-2天，保持鱼肉的新鲜度。
若需长期保存，可采用冷冻法。同样先处理大黄鱼的内脏和鱼鳞并洗净擦干，接着可以在鱼身内外均匀撒上一层薄薄的盐，这有助于在一定程度上抑制微生物生长，还能增添风味。随后把鱼放入保鲜袋或密封容器，挤出空气后放入冰箱冷冻室，温度调至-18℃左右，可保存数月。
此外，还能将大黄鱼腌制保存。把处理好的大黄鱼用盐腌制，盐的用量根据个人口味和鱼的重量调整，一般每500克鱼用50-80克盐。腌制数小时至一天，待鱼肉脱水、盐分渗入后，将鱼挂在通风干燥处晾干，能保存较长时间，食用时冲洗掉多余盐分即可。
