木耳的保质期因保存方式而异。干木耳在干燥、通风、阴凉的环境下，保质期一般为1-2年。若保存环境湿度大、温度高，保质期可能缩短至半年左右。密封包装且经过杀菌处理的干木耳，在遵循包装标注的储存条件下，保质期可达2-3年。
湿木耳即新鲜木耳，保质期较短，常温下放置1-2天就可能变质腐烂，放冰箱冷藏能保存3-5天，冷冻则可保存几个月。
过期的木耳不建议食用。过期后木耳可能被微生物污染，产生毒素，食用后易引发食物中毒，出现腹痛、腹泻、呕吐等症状。而且过期木耳的营养成分流失，口感和品质下降。为了健康，应避免食用过期木耳。
